I laureati magistrali possono seguire master di secondo livello che rilasciano 60 crediti formativi. Sono definiti master di II livello i corsi rivolti a ragazzi e ragazze con laurea magistrale.
Master in ecologia per laureati appassionati di ambiente, natura, ecosistemi. Corsi su tutela dei territori e biodiversità, sfruttamento sostenibile di risorse e fonti energetiche rinnovabili.
I master con frequenza weekend sono pensati per studenti, laureati e giovani professionisti che vogliano seguire un corso postlaurea che si svolge nel fine settimana, solitamente di sabato e domenica
Il secondo semestre laureati e giovani professionisti possono frequentare master di primo e secondo livello, corsi postlaurea con inizio a settembre o ottobre, raramente novembre o dicembre
Questo programma si concentra sullo sviluppo sostenibile del paesaggio, nonché sulla gestione dell'ecosistema e dell'uso del suolo nelle zone di montagna.
Energy Engineering è un master multi-universitario, gestito congiuntamente dalla Facoltà di Scienze e Tecnologie della Libera Università di Bolzano e dal Dipartimento di Ingegneria Civile, Ambientale e Meccanica dell'Università degli Studi di Trento (sede amministrativa).
Il Master Consulenza Direzionale Certificazione e Filiere nel Settore Agroalimentare in Risk Management di CSAD mira a formare la figura del Consulente Direzionale con la specializzazione in Sistemi di Gestione Aziendale applicabili alle filiere agroalimentari.