I laureati magistrali possono seguire master di secondo livello che rilasciano 60 crediti formativi. Sono definiti master di II livello i corsi rivolti a ragazzi e ragazze con laurea magistrale.
Master in ecologia per laureati appassionati di ambiente, natura, ecosistemi. Corsi su tutela dei territori e biodiversità, sfruttamento sostenibile di risorse e fonti energetiche rinnovabili.
Master con inizio nel primo semestre tra gennaio e febbraio per laureati e giovani professionisti con laurea, triennale o magistrale che vogliano corsi postlaurea con inizio primo o secondo trimestre
Il master ha come obiettivo quello di creare un profilo professionale scientifico-tecnico nel campo delle missioni spaziali e dell'analisi di dati da satellite in ambito scientifico e applicativo competitivo sia a livello nazionale che internazionale.
Questo programma si concentra sullo sviluppo sostenibile del paesaggio, nonché sulla gestione dell'ecosistema e dell'uso del suolo nelle zone di montagna.
Energy Engineering è un master multi-universitario, gestito congiuntamente dalla Facoltà di Scienze e Tecnologie della Libera Università di Bolzano e dal Dipartimento di Ingegneria Civile, Ambientale e Meccanica dell'Università degli Studi di Trento (sede amministrativa).
Il Master Consulenza Direzionale Certificazione e Filiere nel Settore Agroalimentare in Risk Management di CSAD mira a formare la figura del Consulente Direzionale con la specializzazione in Sistemi di Gestione Aziendale applicabili alle filiere agroalimentari.